Saulės šiltnamyje paprastai naudojama vandens perdirbimo sistema, susidedanti iš endoterminio apdorojimo ir vandens cirkuliacijos sistemos. Endoterminis apdorojimas reiškia specialių endoterminių medžiagų pritvirtinimą prie galinės saulės šiltnamio sienelės, o po to plastikine plėvele apvyniojimą aplink šildytuvą, kad saulės energija būtų paversta karšto oro energija, taip šildant vandenį šildytuvo viduje.
Vandens cirkuliacinę sistemą varo siurblys, kad šiltas vanduo cirkuliuotų visame šildytuve, o pastovios temperatūros izoliacinis kibiras viename šildytuvo gale kaupia šiltą vandenį. Be to, sugėrusi saulės energiją, endoterminė medžiaga gali padidinti galinės sienelės temperatūrą, o siena naktį išskiria šilumą, taip padidindama temperatūrą. Karštas vanduo taip pat gali būti pernešamas į šildytuvą per cirkuliacinį siurblį naktį, kad padidėtų augalų augimo aplinkos temperatūra, pakeistų šaltą vandenį ir būtų patenkintas pasėlių augimui reikalingas vandens kiekis.
